ボトックス治療は、通常ボトックスを表情筋に直接注射して筋弛緩させることにより表情ジワを改善します。マイクロボトックスでは、ボトックスを表情筋には直接注射せずに、皮膚の浅い層に少量ずつ細かく注射します。この方法では、従来のボトックス治療では得られなかった多彩な効果が期待できます。

マイクロボトックスでは、皮膚と表情筋の浅い部分にのみボトックスを作用させることにより、なるべく表情を変えることなく肌質を改善させることが目的です。このため、通常のボトックス注射とは異なり、皮膚表面に極少量ずつ細かいたくさんの注射点を作ります。
皮膚自体に作用するのに加え、部位によっては表情筋にマイルドに作用します。表情筋には強く作用させないため、表情筋が極端に皮膚表面に近い部位を除き、基本的にどの部位でも治療が可能です。

マイクロボトックスの効果が出るメカニズムは、さまざまな研究報告がありますがまだ完全には解明されていません。以下のメカニズムが考えられています。

身体の他の部位と異なり、顔面の表情筋は浅い層で真皮とつながっていて、表情筋の動きが皮膚に伝わりやすいため、顔には小じわが多いのです。真皮および表情筋の浅い層にのみボトックスを作用させることで、表情（筋肉の深層による）をあまり変化させずに、表情による小じわを改善することが可能です。

ボトックスを注射された真皮では、新しいコラーゲンが生成されるのが報告されています。これにより皮膚にハリやつやが出て引き締め効果があると考えられています。。

ボトックスが皮膚付属器（汗腺や脂腺）に作用するすることにより、汗や皮脂が減少します。真皮内の汗腺や皮脂腺が委縮しボリューム減少することにより、真皮全体のボリュームが減少し引き締め効果や毛穴の改善につながると考えられています。